Podnikatel musí počítat s poplatky za vyřízení žádosti o státní dotaci. Státní podpora malému a střednímu podnikání není sice zcela zadarmo, poplatky žadatele však nezruinují. Českomoravská záruční a rozvojová banka (ČMZRB), která většinu programů realizuje, celkovou sazbu za vyřízení žádosti omezuje částkou padesát tisíc korun.